Для обеспечения маловодных районов в 1952 году, по ходатайству Азербайджанской ССР, на территории Магарамкентского района Дагестанской АССР был выделен участок земли под строительство гидроузла и водозаборных сооружений Самур-Дивичинского (позже Самур-Апшеронского) канала (административная граница проходила по правому берегу реки, и весь гидроузел располагался на территории Дагестана). Деньги на строительство были выделены Советом Министров СССР. Строительство было закончено в 1956 году. С начала эксплуатации по настоящее время гидроузел с водозаборными сооружениями находится на балансе эксплуатационных организаций Азербайджана.
После распада СССР Самурский гидроузел был объявлен собственностью Азербайджана (хотя располагался на территории РФ).
Распределение водных ресурсов реки Самур между Азербайджанской Республикой и Российской Федерацией регулировалось протоколом от 7 октября 1967 года, утвержденным Минводхозом СССР. По протоколу было предусмотрено деление стока реки Самур для расчетного года 75 % водности реки в пропорциях: 33,7 % — экологический сброс, 16,7 % — Российская Федерация и 49,6 % — Азербайджанская Республика. Однако установленные лимиты водосброса не соблюдались и не соблюдаются.
С начала 1990-х годов встала проблема по делимитации границы между Россией и Азербайджаном, а также Дагестаном стал подниматься вопрос о равном делении водных ресурсов реки Самур. Такая постановка вопроса категорически отвергалась азербайджанской стороной, мотивировавшей свой отказ дефицитом питьевой воды в городах Баку и Сумгайыт, а также экономическими потерями от сокращения поливных земель в приморской низменности. Азербайджан, наоборот, собирался увеличить водозабор из Самура, для чего в 2008 году были начаты работы по реконструкции Самур-Апшеронского канала.
28 августа 2010 года было подписано Соглашение № 1416-р о делимитации границы между РФ и РА, а также о рациональном использовании и охране водных ресурсов реки Самур, по которым граница между РФ и РА переносилась с правого берега реки Самур на середину гидроузла и стороны договорились впредь производить деление водных ресурсов в равных долях
Лезгины остались недовольны, ведь какие-то их населенные пункты плюс их острова пострадали! Но аварцам и русским было на это наплевать.